Skoré osídlenie tohto územia človekom dokazuje cintorín s ľudskými kosťami z doby bronzovej, odkrytý v 50. rokoch 20. storočia. Z hrobov boli vyzdvihnuté svojrázne remeselnícke výrobky z doby bronzovej. Stopy po osídlení v stredoveku potvrdzujú staroslovanské popolnicové hroby a vecné nálezy pochádzajúce z 10. storočia, z čias obsadzovania vlasti Maďarmi. Možno predpokladať, že katastrálny názov Pohanský cintorín sa tiež datuje do tohto obdobia. Už niekoľko storočí považujú obyvatelia obce toto nálezisko aj za pohrebné miesto panovníka Taksonya, po ktorom bola obec pomenovaná.
Prvá písomná zmienka o obci sa nachádza v popise diakovského chotára v listine z roku 1138, v ktorej sa obec Matúškovo spomína ako pozemok bratislavského hradného ľudu „ terra civilium Posoniensium de villa locsun“.
V stredoveku mala veľký vplyv na obyvateľov obce pravdepodobne blízkosť benediktínskej rehole pôsobiacej v Diakovciach. Na život obyvateľov mali vplyv aj boje medzi cirkvami v čase reformácie a protireformácie. Tadiaľto smerovali aj kurucké a cisárske oddiely protihabsburgského národnooslobodzovacieho boja. V roku 1704 sa so svojim sprievodom zdržiaval v Matúškove knieža Rákoczi, vodca bojov za slobodu.
Turecké spustošenie a stály vojnový stav úplne vyčerpali obec, ktorá sa vzmohla až v druhej polovici storočia. Obec bola od 1. 1. 1971 bez súhlasu občanov administratívne pričlenená ku Galante a až koncom roku 1990 získala späť svoju samostatnosť.